POP3
POP3 более старый и простой протокол, удобный для offline использования. Например, если требуется загрузить всю почту из директории "Входящие" с ящика на локальный компьютер и работать с ней, больше не обращаясь к серверу.
В почтовый клиент будет загружаться только то, что поступило на почтовый ящик и было помещено в директорию "Входящие". Другие папки на сервере ("Спам", "Отправленные", ... ) будут недоступны.
IMAP
Протокол IMAP также предоставляет такой вариант работы, но основные его удобства проявляются при online использовании. По IMAP не требуется загружать все письма сразу с удаленного сервера, можно работать с почтой прямо на сервере.
Основное преимущество протокола IMAP — это синхронизация папок. Например, можно настроить два почтовых клиента (скажем, телефон и компьютер) на работу с одним ящиком так, чтобы письма, отправленные в одном почтовом клиенте, появлялись в папке "Отправленные" в другом почтовом клиенте. Такая настройка невозможна при использовании POP3