Роботы поисковых систем определяют сайт, доступный по протоколам HTTP и HTTPS, как два разных сайта - http://мой_домен/ и https://мой_домен/ и при смене протокола объединяет их в группу зеркал или переназначает главное зеркало сайта.
Для того чтобы переход из поисковой выдачи в дальнейшем корректно осуществлялся по HTTPS, рекомендуется указать адрес главного зеркала с помощью директивы Host в файле robots.txt сайта (Host: https://мой_домен), добавить новый сайт в Яндекс. Вебмастер и после того, как Яндексом будет осуществлена склейка зеркал и https://мой_домен/ определится как главное зеркало, настроить редирект в файле .htaccess сайта.
Переадресация с протокола HTTP на протокол HTTPS реализуется добавлением в файл .htaccess следующих директив:
RewriteCond %{HTTP:HTTPS} !=on [NC]
RewriteRule ^(.*)$ https://мой_домен/$1 [R=301,L]
SetEnvIf X-Forwarded-Proto https HTTPS=on
Для переадресации с www на домен без www в файле .htaccess может быть использован следующий редирект:
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www\.
RewriteRule (.*) https://мой_домен/$1 [L,R=301]
В течение нескольких недель сайт будет заново проиндексирован по HTTPS и соответственно отображён в поисковой выдаче.