Если IP не был оплачен своевременно, то сайт перестанет отображаться в Интернете, но на работу сертификата это никак не повлияет: после оплаты IP-адреса сайт возобновит свою работу в прежнем режиме.
Также, на хостинге реализована технология SNI, с использованием которой возможна работа SSL-сертификатов без использования выделенного IP. Воспользоваться этой возможностью предлагается в разделе панели управления «SSL», выбрав в выпадающем списке вариант "Без IP".